冷凍研磨儀可以干磨、濕磨、混合以及均質化處理。對于提取大通量樣品中的核酸，能大大提高研磨效率和質量。在研磨過程中，采用的是封閉式一次性離心管，避免了樣品交叉污染。對同一組織樣品設定相同的研磨程序，則可獲得相同的研磨效率，提高了樣品間的重復性。由于采用研磨球進行研磨，使得樣品的研磨相較于傳統研磨方式更為均勻、充分。可以作為勻漿器，利用不銹鋼球或者高密度玻璃珠或者氧化鋯珠子迅速分散樣品，研磨、勻漿過程中樣品溫度不會上升，而且速度可調節。 在對樣品DNA提取的實驗分析中，樣品前處理占據著重要作用，因此在使用冷凍研磨儀在開展樣品的研磨前，這些準備工作需做好。
冷凍研磨儀對樣品的操作只需1-3分鐘便可完成2X96個樣品的研磨粉碎。在對樣品的破碎過程，通過其磨槽在水平方向上的圓弧徑向擺動，在高頻振蕩的作用下，其磨槽內的磨球可在高速的沖擊下粉碎樣品，球體間的摩擦力沖擊可有效地引起細胞破裂。
冷凍研磨設備在對試樣的研磨前處理前，緩沖液需在低溫下進行預冷，在準備幾塊冰塊進行備用，在應用高濃度的乙醇對鑷子、剪刀等研磨工具進行消毒滅菌。如果樣品在運行過程中需要對其進行RNA等成分的提取，鑷子、剪刀等物品需要再次用酒精消毒殺菌，以盡可能消毒RNA酶。
另，備好離心管置于冰塊上作低溫預冷處理，并在其添加適量的PBS緩沖液，再從零下80℃的冰箱中取出已研碎的組織樣品，放置于冰面上，應用消毒過的鑷子和剪刀將其樣品切成小片，然后將其放入相對應的離心管中進行實驗備用。
把離心管放到研磨設備的適配器中，開啟研磨設備，設置樣品的研磨參數，開啟儀器程序的運行，研磨樣品，待研磨儀器停止運行后，便可取出研磨后樣品，進行后續的實驗分析應用。
應用冷凍設備對樣品的研磨，主要是可高效快速的完成研磨工作，且可避免樣品間的交叉感染，對后續的實驗操作分析結果減少影響。而其冷凍研磨儀對樣品的研磨三要素更是深得實驗者的喜愛。
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